Cơ quan phụ trách việc giao thông của tàu thủy ở khu Eo biển Storebælt (Vessel Traffic Service Storebælt) đảm nhận việc hướng dẫn cho các tàu thủy giao thông qua cầu với việc theo dõi liên tục bằng radar. Nếu một tàu có dấu hiệu đi sai hướng thì tàu sẽ được báo động bằng vô tuyến, nếu tàu đó vẫn chưa đổi hướng thì sẽ gửi một tàu ngăn chặn tới tiếp xúc với tàu đó. Tàu ngăn chặn đã được sử dụng một lần, khi một tàu thủy có hướng tiến thẳng tới khối neo các dây cáp.

Tuy nhiên ngày 3 tháng 3 năm 2005 đã xảy ra một tai nạn do lỗi kỹ thuật và lỗi con người. Một người lái tàu say rượu đã lái tàu Karen Danielsen (3.500 tấn) đâm vào cầu thấp ở phía tây và bị mắc kẹt. Cầu bị một lỗ thủng không quan trọng ở phần bêtông mặt đường và phải đóng cửa 5 giờ.